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NCBI GenBank数据库的起源、功能和常遇问题及解答
2015-8-18
来源:互联网
点击数: 3099          作者:未知
  • GenBank数据库功能为:

    一、提交获取的基因序列

    二、查找已知基因的序列生物学特性信息,例如编码区,科学命名等。

    那么Genebank ID 和Gene cluster ID又是什么呢?

    genBank数据库起源

    GenBank数据库是1982年由美国国立生物技术信息中心(NCBI)建立并维护的综合性序列数据库。大约每2个月会更新一次版本,截止到2004年9月******的版本是Release143,共有37,343,937 条序列纪录,大约包含了来源于约140,000个物种的41,808,045,653个碱基。所有数据记录被划分在若干个文件里,如细菌类、病毒类、灵长类、啮齿类,以及 EST 数据、基因组测序数据、大规模基因组序列数据等 16 类,其中 EST 数据等又被各自分成若干个文件。它的数据直接来源于测序工作者提交的序列;由测序中心提交的大量EST序列和其它测序数据;以及与其它数据机构协作交换数据。Genbank每天都会与欧洲分子生物学实验室(EMBL)的数据库,和日本的DNA数据库(DDBJ)交换数据,使这三个数据库的数据同步。

    GenBank数据库功能

    实验工作人员使用GenBank的功能之一就是通过GenBank提供的2个软件工具把本实验的研究序列提交到数据库中从而获取序列号,这样发表文献时便于引用,成为学术界承认的实验工作样品,从而其他人可以重复实验,现在权威的刊物都需要提供序列的存储编号。这2个工具的地址在http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BankIt/

    BankIt是一系列表单,包括联络信息、发布要求、引用参考信息、序列来源信息、以及序列本身的信息等。用户提交序列后,会从电子邮件收到自动生成的数据条目,GenBank的新序列编号,以及完成注释后的完整的数据记录。用户还可以在BankIt页面下修改已经发布序列的信息。BankIt适合于独立测序工作者提交少量序列,而不适合大量序列的提交,也不适合提交很长的序列,EST序列和GSS序列也不用BankIt提交。BankIt使用说明和对序列的要求可详见其主页面。

    大量的序列提交可以由Sequin程序完成。Sequin程序能方便的编辑和处理复杂注释,并包含一系列内建的检查函数来提高序列的质量保证。它还被设计用于提交来自系统进化、种群和突变研究的序列,可以加入比对的数据。Sequin除了用于编辑和修改序列数据记录,还可以用于序列的分析,任何以FASTA或ASN.1格式序列为输入数据的序列分析程序都可以整合到Sequin程序下。在不同操作系统下运行的Sequin程序都可以在ftp://ncbi.nlm.nih.gov/sequin/ 下找到,Sequin的使用说明可详见其网页。

    使用GenBank的重要的功能之二是按照实验的要求查询序列信息以及相关的研究文献。通过GenBank数据库数据记录包含了找到序列的简要描述,它的科学命名,物种分类名称,参考文献,序列特征表,以及序列本身。序列特征表里包含对序列生物学特征注释如:编码区、转录单元、重复区域、突变位点或修饰位点等。

    GenBank数据库常见问题与解答:

    1、什么是Genebank ID?从什么网址检索基因库?

    Genebank ID 就是genbank中基因的序列编号,你可以在www.NCBI.NLM.NIH.GOV中检索你感兴趣的基因,你可以了解相关的基因序列以及简单的功能描述,你也可以根据基因名称查找相关的文献。

    2、Gene cluster ID 是什么?

    Gene cluster ID 是指特定基因的编号,由于每一个基因在GENBANK中可能会登记多个序列(包括EST,各种不同长度的基因片段),Gene cluster就是将所有这些属于同一个基因来源的片段归类在一起,给出一个统一的基因编号,因此一个实际上就代表了某一个特定的基因。根据这个编号可以在GENEBANK中找到一个特定的基因。

    3、过什么途径查到基因的简单功能。

    我看到许多文献上不同的名称,如,Gene ID ,Genbank ID,下面是我检索的一个页面,您看时这样的吗?它的功能描述在哪里?

    如果你要查找基因的简单功能有两种选择,******利用Gene ID 或 Genbank ID或基因名称选择NUCLEOTIDE进入你现在看到的页面,在右上角的LINK下你可以选择LOCUS LINK一项,你就可以进入相关的基因页面(见附录网页);或者直接用在首页输入基因名称,选择UNIGENE或LOCUS LINK项,你可以直接进入LOCUS网页,然后点击LOCUS LINK就可以进入你想要的基因的网页,简单的功能描述在这些网页你都可以看到。

    GenBank也可以和其他的序列分析软件结合使用,从而对基因序列进行比对分析。提交序列的时候只要将序列用sequin 编辑好即可以邮件形式发送给GENEBANK提供的邮箱即可。

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